Language selection dialog isn't showed on first startup.

The user could get very upset after choosing polish from
the language selection dialog and having the GUI displayed all in
english. It is better not to show this dialog at all until we
have Svarog translated into polish.

Refactoring of the EmbeddedFileChooserFavorites.

Made the previous,next&finish buttons larger in the wizard dialog.

This makes them easier to see.

Added a JLabel next to the registerSignalMLCodecButton.

This is so that all controls in the other settings
panel look the same.

Moved the editGainAndOffsetButton to the ChannelSelectPanel.

The interface looks better and simpler like that.

Implemented presets for the first tab of openSignalDialog.

This works only for new experiments - it has no
sense for other signal source options.

izpack: remove left-over FFT plugin description

pom: fix relative path in izpack/pom.xml

Print URLs for JAR files used for plugins

Simplify constructors in PresetControlsPanel

Merge branch 'stager'

* stager:
  Fixed artifact plugin failures caused by changes in the plugin API
  Fixed Artifact crashes caused by missing channels
  Restored Artifact dialog message lost in i18n process
  Method for accessing resources from .jar files is changed
  Replaced string channel names with enum values
  Removed unused field in FastMultichannelSampleSource.java
  Fixed occasional crash that could occur when loading some old preset data
  Fixed Artifact behaviour in cases when signal data is not read from signal document file
  Cleaned up unused imports
  Cleaned up unused imports
  Fixed a typo in package name
  Removed references to MessageSourceResolvables
  Removed unused imports
  Updated Stager pom file
  Stager directory rebased
  Replaced occurences of ViewerFileChooser with FileChooser interface
  Added config file for Stager
  Added Stager-specific view components (removed in c0e1ad0101dc9237762024b565206c75a29dba2c)
  Base class for preset dialogs added
  Initial (dummy and unusable) UI for Stager
  Added gitignore for Stager i18n resource directory
  Style cleanup
  Changed artifact result inheritance
  Import cleanup
  Code that handles working dir selection is moved to separate file
  Fixed indentation
  Fixed working dir selection for Stager plugin
  Fixed main Stager method dialog
  Fixed scoring criteria combo box in Stager method dialog
  Fixed signal file box in Stager method dialog
  Removed unused fields in Artifact data
  Changed a label in Artifact progress dialog
  Moved fast signal reader
  Minor style fix
  Import cleanup
  Moved Stager defaults to a separate file
  Changed signal reader in Stager
  Reorganized Stager data
  Plugged in Stager logic
  Tweaked estimated number of steps in PluginComputationMgr
  Added some serial ids
  Stager version bumped up
  Extended ExportedSignalSelection interface
  Changed the result type of getSetOfTags method in ExportedTagDocument
  TagStatistic should use ExportedTags and ExportedTagStyles (instead of Tags and TagStyles)
  Changed SleepTagName so it uses the Exported* types
  Refactored NewStagerParameters (and dependent classes)
  Fixed a possible crash in PluginTagWriter
  Fixed a label in Artifact method progress dialog
  NewStagerTagWriter returns a newly created file
  Extracted a base class for Stager step results
  Extended tracker interface in PluginComputationMgr
  Corrected NewArtifactResult inheritance
  Result dialog in Stager should now open correctly
  Fixed codec path
  Threshold values in Stager config dialog are set correctly
  Reworked progress bar update mechanism Progress bar for Stager plugin should be working now
  Fixed defunct progress bar updater
  Initial plugin defaults implementation
  Fixed preset manager integration in Stager
  Fixed setting defaults for advanced parameters in Stager plugin
  Added default values for REM deflection threshold
  stager: remove Java 7 constructs
  pom: include Stager plugin in the default compilation
  Reindent to HT=4 SP
  Rename variable to match situation in master branch

Following fixups were applied:

  FileChooser which is exported was substituted for ViewerFileChooser in various places
  log4j.Logger was added in NewStagerComputationMgr
  Util.getPrettyFormatString now lives in FormatUtils

Conflicts:
plugins/Artifact/src/main/java/org/signalml/plugin/newartifact/NewArtifactPlugin.java
plugins/Artifact/src/main/java/org/signalml/plugin/newartifact/data/NewArtifactApplicationData.java
plugins/Artifact/src/main/java/org/signalml/plugin/newartifact/data/mgr/NewArtifactMgrStepData.java
plugins/Artifact/src/main/java/org/signalml/plugin/newartifact/logic/algorithm/BlinkingArtifactAlgorithm.java
plugins/Artifact/src/main/java/org/signalml/plugin/newartifact/logic/algorithm/ECGArtifactAlgorithm.java
plugins/Artifact/src/main/java/org/signalml/plugin/newartifact/logic/algorithm/EyeMoveArtifactAlgorithm.java
plugins/Artifact/src/main/java/org/signalml/plugin/newartifact/logic/algorithm/NewArtifactAlgorithmBase.java
plugins/Artifact/src/main/java/org/signalml/plugin/newartifact/logic/mgr/NewArtifactComputationMgr.java
plugins/Artifact/src/main/java/org/signalml/plugin/newartifact/logic/mgr/NewArtifactMgrPreprocessStep.java
plugins/Artifact/src/main/java/org/signalml/plugin/newartifact/logic/mgr/NewArtifactMgrTagStep.java
plugins/Artifact/src/main/java/org/signalml/plugin/newartifact/method/NewArtifactMethodConfigurer.java
plugins/Artifact/src/main/java/org/signalml/plugin/newartifact/ui/NewArtifactToolConfigDialog.java
plugins/Artifact/src/main/resources/org/signalml/plugin/newartifact/resource/config.xml
plugins/PluginToolCommon/src/main/java/org/signalml/plugin/io/PluginSampleSourceAdapter.java
plugins/PluginToolCommon/src/main/java/org/signalml/plugin/method/logic/PluginComputationMgr.java
plugins/PluginToolCommon/src/main/java/org/signalml/plugin/tool/PluginResourceRepository.java
plugins/Stager/pom.xml
plugins/Stager/src/main/java/org/signalml/plugin/newstager/data/logic/NewStagerMgrData.java
plugins/Stager/src/main/java/org/signalml/plugin/newstager/data/logic/NewStagerMgrStepData.java
plugins/Stager/src/main/java/org/signalml/plugin/newstager/io/NewStagerFastBookV5AtomReader.java
plugins/Stager/src/main/java/org/signalml/plugin/newstager/io/NewStagerTagWriter.java
plugins/Stager/src/main/java/org/signalml/plugin/newstager/logic/artifact/NewStagerArtifactAnalysisAlgorithmBase.java
plugins/Stager/src/main/java/org/signalml/plugin/newstager/logic/artifact/NewStagerArtifactMontageAlgorithm.java
plugins/Stager/src/main/java/org/signalml/plugin/newstager/logic/artifact/NewStagerStatAlgorithm.java
plugins/Stager/src/main/java/org/signalml/plugin/newstager/logic/mgr/NewStagerBookProcessStep.java
plugins/Stager/src/main/java/org/signalml/plugin/newstager/logic/mgr/NewStagerSignalStatsStep.java
plugins/Stager/src/main/java/org/signalml/plugin/newstager/logic/mgr/NewStagerTagWriteStep.java
plugins/Stager/src/main/java/org/signalml/plugin/newstager/mock/NewStagerMain.java
plugins/Stager/src/org/signalml/plugin/newstager/data/NewStagerConstants.java
plugins/Stager/src/org/signalml/plugin/newstager/logic/mgr/NewStagerComputationMgr.java
svarog/src/main/java/org/signalml/app/config/ApplicationConfiguration.java
svarog/src/main/java/org/signalml/app/config/ConfigurationDefaults.java
svarog/src/main/java/org/signalml/app/document/TagDocument.java
svarog/src/main/java/org/signalml/app/view/components/dialogs/AbstractPresetDialog.java
svarog/src/main/java/org/signalml/app/view/components/dialogs/OptionPane.java
svarog/src/main/java/org/signalml/domain/tag/SleepTagName.java
svarog/src/main/java/org/signalml/domain/tag/TagComparisonResult.java
svarog/src/main/java/org/signalml/domain/tag/TagStatistic.java
svarog/src/main/java/org/signalml/plugin/export/signal/ExportedTagDocument.java
svarog/src/main/java/org/signalml/plugin/export/signal/SignalSelection.java
svarog/src/main/java/org/signalml/plugin/export/view/FileChooser.java
svarog/src/main/resources/org/signalml/app/config/signalml_defaults.properties

Rename variable to match situation in master branch

Reindent to HT=4 SP

Check if JAR can be loaded before accepting plugin description

Plugin descriptions were loaded, and only then it was check if the JAR
files can be found where expected. This meant that:
- a description pointing to a non-existent JAR would override
  a second description which was found later and could potentially
  work
- the URL to JAR was not set, causing problems later

2012-05-11 16:58:45,536 DEBUG [org.signalml.plugin.loader.PluginLoaderHi] - Loading plugin Sleep Staging (class org.signalml.plugin.newstager.NewStagerPlugin)
2012-05-11 16:58:45,537 ERROR [org.signalml.plugin.loader.PluginLoaderHi] - Failed to load plugin Sleep Staging from null
java.lang.NullPointerException
        at sun.misc.URLClassPath$3.run(URLClassPath.java:340)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at sun.misc.URLClassPath.getLoader(URLClassPath.java:337)
        at sun.misc.URLClassPath.getLoader(URLClassPath.java:314)
        at sun.misc.URLClassPath.getResource(URLClassPath.java:184)
        at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:209)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:205)
        at org.signalml.plugin.loader.PluginLoaderLo.findClass(PluginLoaderLo.java:85)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:321)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:266)
        at org.signalml.plugin.loader.PluginLoaderHi.loadPlugin(PluginLoaderHi.java:430)
        at org.signalml.plugin.loader.PluginLoaderHi.loadPlugins(PluginLoaderHi.java:411)
        at org.signalml.app.SvarogApplication._run(SvarogApplication.java:421)
        at org.signalml.app.SvarogApplication.run(SvarogApplication.java:303)

Merge branch 'fix-logging-file-location'

* fix-logging-file-location:
  Set svarog.home property to user configured svarog home
  Extract logging initialization to a separate function

Merge branch 'installer-artifact-problem'

* installer-artifact-problem:
  Improve logging messages during plugin loading
  izpack: use proper version for PluginToolCommon plugin
  izpack: FFT plugin is gone
  izpack: use proper version for Artifact plugin

Conflicts:
izpack/pom.xml

Set svarog.home property to user configured svarog home

Previously it was set to the $CWD, which didn't make much sense, because the
file could be either created in random places, or the logging file would fail to
be created. In this second situation, the following was thrown:
java.io.FileNotFoundException: /usr/local/svarog/log/signalml_log.txt (No such file or directory)
    at java.io.FileOutputStream.open(Native Method)
    at java.io.FileOutputStream.<init>(FileOutputStream.java:209)
    at java.io.FileOutputStream.<init>(FileOutputStream.java:131)
    at org.apache.log4j.FileAppender.setFile(FileAppender.java:289)
    at org.apache.log4j.FileAppender.activateOptions(FileAppender.java:163)
    at org.apache.log4j.config.PropertySetter.activate(PropertySetter.java:256)
    at org.apache.log4j.config.PropertySetter.setProperties(PropertySetter.java:132)
    at org.apache.log4j.config.PropertySetter.setProperties(PropertySetter.java:96)
    at org.apache.log4j.PropertyConfigurator.parseAppender(PropertyConfigurator.java:654)
    at org.apache.log4j.PropertyConfigurator.parseCategory(PropertyConfigurator.java:612)
    at org.apache.log4j.PropertyConfigurator.configureRootCategory(PropertyConfigurator.java:509)
    at org.apache.log4j.PropertyConfigurator.doConfigure(PropertyConfigurator.java:415)
    at org.apache.log4j.PropertyConfigurator.doConfigure(PropertyConfigurator.java:441)
    at org.apache.log4j.PropertyConfigurator.configure(PropertyConfigurator.java:336)
    at org.springframework.util.Log4jConfigurer.initLogging(Log4jConfigurer.java:70)
    at org.signalml.app.SvarogApplication._run(SvarogApplication.java:359)
    at org.signalml.app.SvarogApplication.run(SvarogApplication.java:303)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:636)

The order of some operations during initalization is modified, to first find the
proper value of $signaml.root (the profile directory chosen by the user), then
initalize logging, using $signalml.root in configuration, and then the debugging
statements are executed. This way debug messages can be properly configured
through log4j configuration.

One remaining problem which is not addressed, is two concurrent instances of
Svarog will try to use the same logfile, resulting in the loss of messages. But
this is an independent thing.

Extract logging initialization to a separate function

Improve logging messages during plugin loading

izpack: use proper version for PluginToolCommon plugin

Version was changed in c7f5f72 "Version bump" 2011-08-10, but izpack/pom.xml was not updated. This
causes izpack to use an old version of PluginToolCommon.jar (either cached in a local repository or
downloaded over the network).

izpack: FFT plugin is gone

In 72cf8dd "Substituted plugins/FFT with modules/fft-tools." 2012-05-04
FFT plugin was removed. Including it here would cause something old
to be packaged.

izpack: use proper version for Artifact plugin

Version was changed in c7f5f72 "Version bump" 2011-08-10,
but izpack/pom.xml was not updated. This causes izpack to
use an old version of Artifact.jar (either cached in a local repository
or downloaded over the network).

Reindent .xml files to HT=4 SP, try 2

Apparently commands used previously didn't really do a good job,
especially when xml elements had attributes on separate lines.

I also didn't notice that some files had useless BOM marks and missing
newlines-at-eof. This time those extra details should be fixed too.

pom: include Stager plugin in the default compilation

stager: remove Java 7 constructs

Moving to Java 7 might not be a bad idea, but right now we do not want to this,
primarily because we do not want to force everybody to upgrade their compilers.

When the move is made, this commit should be reverted.

Included the fft-tools module in Svarog/Svarog.

This fixes the problems with compiling Svarog
- Svarog had to be compiled using
'mvn package' or 'mvn install' because
otherwise there were problems with finding
the fft-tools module.

Merge branch 'openbci_new_experiments'

Experiments have colors in the ChooseExperimentTable.

Running experiments have green background,
new experiments - beige, and selected - orange.

Shows a 'please wait' dialog while waiting for the first sample.

There is no timeout limit when receiving the first sample
(due to the time openBCI needs to start a new experiment),
so there's a need for some feedback to the user on what
is happening.

Removed the "peer_params_values" request.

This was sent to wait for the new experiment
to fully launch before starting to receive
samples from multiplexer (so that no socket
timeout happens because of trying to receive
samples from not fully started multiplexer).

It is obsolete because MonitorWorker
waits for the first sample with infinite timeout.

Added default values for REM deflection threshold

Fixed setting defaults for advanced parameters in Stager plugin

Fixed preset manager integration in Stager

Initial plugin defaults implementation

Amplifier type is displayed in the available experiments list.

Added a column in the choose experiment table, displaying
whether the amplifier is virtual/bluetooth or usb.

Does not work with "Running" experiments yet because
this information is not sent in the messages received
from openBCI.

Reorganized the openBCI connection exceptions mechanism.

Introduced OpenbciCommunicationException class which holds
information about exception that happened while trying
to communicate with openBCI. Helper does not handle any
exceptions, it throws them and they are handled in
appropriate workers in the done() method. This makes
error handling much easier.

Replace the MacOS mp5 binary with a working version.

Previously added mp5 binary did not work
(neither in Svarog, nor in command line)
- there was a "Bus error".

mp_engine: 55c7b2d 'Add --enable-static autoconf flag' 2012-04-03

New experiments have names = "Svarog online - " + amplifierName.

These names are sent to openBCI while starting a new
experiment.

Messages in the connection log if message parsing has failed.

Previously badly parsed messages were ignored and the user
knew nothing about it, now there's an error message shown
in the connection log text box.

FindEEGExperimentsWorker request for amplifiers in the order: virtual, usb, bt.

This is because the information about virtual and usb
amplifiers is received much faster than about the
bluetooth amplifiers.

Fixed the way window types are displayed in the FFTSignalTool.

Previously it was: fft.windowType.RECTANGULAR
now it is: RECTANGULAR.

Changed the default FFTSignalTool display properties.

- X axis labels are visible
- 16 ticks on X axis are labeled by default
- Y axis is logarithmic
- Y axis is fitted to the FFT values range
- values in the X-axis labels count are validated

This will help to display the FFT in a more legible way
by default. This fixes trac ticket #5.

AmplifierNullDiagnosis uses the idle field.

The idle field contains the signal value that is transmitted
through the EEG channel if the electrode is not connected.
It is different from the amplifier_null field, which was
used before, because this field is defined for each channel
separately.

Refactoring of experiment's JSonReaders.

There was very similar code in both
FindEEGAmplifiersResponseJSonReader and
FindEEGExperimentsResponseJSonReader which
was extracted to AbstractResponseJSonReader
super-class.

Merge branch 'fft_as_a_module'

Reused SignalMLAssert between Svarog and fft-tools module.

This class was duplicated because it was needed
in both projects - now its single agains.

While connecting to a new experiment, waits for it to fully start.

1. While connecting to a new experiment, the ConnectToExperimentWorker
ask the experiment for its amplifier parameters. If, as a response,
it receives a list with properly filled parameters, it assumes the
experiments has been correctly started.

2. The MonitorWorker waits for the first sample with infinite
timeout. This gives openBCI some time to fully start the multiplexer
before Svarog can receive samples.

These fixes are due to the longer startup time of the new openBCI
EEG amplifier drivers.

Fixed defunct progress bar updater

Reworked progress bar update mechanism
Progress bar for Stager plugin should be working now

Set executable bit on linux mp5 binary

Replace linux mp5 binary with different version

This one is compiled by jenkins from the same sources, but not stripped.

Previous one segfaults if non-Dirac atoms are used. Unfortunately it was stripped so it is hard to
debug. Recompiled binary works, so let's replace it.

mp_engine: 55c7b2d 'Add --enable-static autoconf flag' 2012-04-03

Add mp5 amd64 linux binary from commit 8a0c50d

Benchmark on 20 seconds one channel EEG signal:

32 bit:
real 0m38.166s
user 0m37.366s
sys 0m0.608s

64 bit:
real 0m19.706s
user 0m18.957s
sys 0m0.688s

mp_engine: 55c7b2d 'Add --enable-static autoconf flag' 2012-04-03

Substituted plugins/FFT with modules/fft-tools.

The plugins/FFT is now deleted and every FFT
calculation is performed by the modules/fft-tools
classes. This solves the FourierTransform and
related classes code duplication issue.

Moved org.signalml.math.fft to a new Maven module.

This code is used both in Svarog and the FFTSignalTool
(the code is duplicated - also plugins/FFT
contains a copy of these classes...).
This commit is a step towards fixing this replication.

Calibration offset was not saved while exporting signal.

This bug was introduced in 9fdff9d9d9c0a401085a05079b3fa5fee637fd56
refactorizations - calibration offset was not saved
to the signal descriptor XML file and because of that
the exported signal cannot be opened
(there was a NullPointerException while accessing the
calibration offset values for the signal).

If the Y axis scale is logarithmic its min cannot be set to 0.

0 is not a valid value on a logarithmic scale - setting such
value caused Java heap space exception while drawing the FFT plot.

Special channel names handling fix.

Special amplifier channels: Saw, Driver_Saw, trig, onoff, bat.

Fixed missing import caused by the previous commit.

Shortened the message in the profile path selection dialog.

The former message was too long and complicated,
probably no one has ever read it ;). Trac ticket #59.

Changed Helper.DEFAULT_RECEIVE_TIMEOUT to 10 seconds.

Merge branch 'master' into openbci_new_experiments

ConnectingToExperimentWorker moved to OpenSignalWizardDialog.

This allows not closing the OpenSignalWizardDialog if
connecting to an experiment has failed.

Added a JTextArea for logging and a cancel button to the ChooseExperimentsPanel.

Requesting new experiments is performed step by step:
1. request running experiments.
2. request virtual amplifier 'ready to start' experiments
3. request bluetooth amplifiers 'ready to start' experiments
4. request USB amplifier 'ready to start' experiments.

Receive timeout is set to infinity so that there would be
no problems with too short timeouts. If the user waits too
long, he can always press the Cancel button.

Changed the 'eeg_experiments' message to match openBCI changes.

Changed the 'eeg_amplifiers' response to match the openBCI changes.

The format of this message has changed in openBCI.

pom: do not build installer by default

This effectively reverts 5a16050 'Revert "Do not build installer by
default"' 2012-04-07. There seems to be a bug in jenkins, which causes
the build to fail in izpack submodule. So let's remove izpack from the
default build, again.

Relevant part seems to be:

[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[INFO] Building svarog-installer
[INFO]    task-segment: [package]
...
[INFO] [surefire:test {execution: default-test}]
[INFO] Tests are skipped.
[INFO] [jar:jar {execution: default-jar}]
[INFO] Building jar: /var/lib/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/target/svarog-installer-0.5.0-SNAPSHOT.jar
[INFO] [izpack:izpack {execution: default}]
[INFO] Using 'UTF-8' encoding to copy filtered resources.
[INFO] skip non existing resourceDirectory /var/lib/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/src/izpack
Warning: CustomAction jar file not found: /var/lib/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/bin/customActions/Uninstaller.jar
[JENKINS] Archiving /var/lib/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/pom.xml to /var/lib/jenkins/jobs/svarog-installer/modules/org.signalml$svarog-installer/builds/2012-04-25_10-57-16/archive/org.signalml/svarog-installer/0.5.0-SNAPSHOT/svarog-installer-0.5.0-SNAPSHOT.pom
[JENKINS] Archiving /var/lib/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/target/svarog-installer-0.5.0-SNAPSHOT.jar to /var/lib/jenkins/jobs/svarog-installer/modules/org.signalml$svarog-installer/builds/2012-04-25_10-57-16/archive/org.signalml/svarog-installer/0.5.0-SNAPSHOT/svarog-installer-0.5.0-SNAPSHOT.jar
[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[ERROR] BUILD ERROR
[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[INFO] IzPack compilation ERROR

Embedded error: /var/lib/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/install.xml:73: /var/lib/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/svarog.jar
[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[INFO] Trace
org.apache.maven.lifecycle.LifecycleExecutionException: IzPack compilation ERROR
...
Caused by: com.izforge.izpack.compiler.CompilerException: /var/lib/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/install.xml:73: /var/lib/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/svarog.jar
       at com.izforge.izpack.compiler.CompilerConfig.parseError(Unknown Source)
       at com.izforge.izpack.compiler.CompilerConfig.addPacksSingle(Unknown Source)
       at com.izforge.izpack.compiler.CompilerConfig.addPacks(Unknown Source)
       at com.izforge.izpack.compiler.CompilerConfig.executeCompiler(Unknown Source)
       at org.izpack.mojo.IzPackMojo.buildInstaller(IzPackMojo.java:247)
       ... 32 more
Caused by: java.io.FileNotFoundException: /var/lib/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/svarog.jar
       at com.izforge.izpack.compiler.PackInfo.addFile(Unknown Source)
       at com.izforge.izpack.compiler.CompilerConfig.addRecursively(Unknown Source)
       ... 36 more

In a healthy build (same machine, but not through jenkins):

[INFO] [surefire:test {execution: default-test}]
[INFO] Tests are skipped.
[INFO] [dependency:copy {execution: copy}]
[INFO] Configured Artifact: org.signalml:svarog:onejar:0.5.0-SNAPSHOT:jar
[INFO] Configured Artifact: org.signalml.plugin:FFT:0.1:jar
[INFO] Configured Artifact: org.signalml.plugin:FFTSignalTool:0.1:jar
[INFO] Configured Artifact: org.signalml.plugin:PluginToolCommon:0.1:jar
[INFO] Configured Artifact: org.signalml.plugin:Artifact:0.1:jar
[INFO] Copying svarog-0.5.0-SNAPSHOT-onejar.jar to /var/data/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/svarog.jar
[INFO] Copying FFT-0.1.jar to /var/data/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/plugins/FFT.jar
[INFO] Copying FFTSignalTool-0.1.jar to /var/data/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/plugins/FFTSignalTool.jar
[INFO] Copying PluginToolCommon-0.1.jar to /var/data/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/plugins/PluginToolCommon.jar
[INFO] Copying Artifact-0.1.jar to /var/data/jenkins/workspace/svarog-installer/izpack/plugins/Artifact.jar
[INFO] [jar:jar {execution: default}]
[INFO] [jar:jar {execution: default-jar}]

So the copy phase is skipped.

The izpack module is configured in a "profile", so the installer can
still be built together with the rest of Svarog:

  mvn -P installer ... package

but not by default.

AutoScale-Y-ToView parameter for fft tool

Changed timeouts for openBCI-Svarog communication to 10s.

The previous timeout, which was 5 seconds, was sometimes
exceeded due to slow communication with Bluetooth
devices.

New openBCI experiments launching implemented.

OpenBCI experiments can be now started using
Svarog - after pressing the refresh button
in the OpenSignalWizard it asks the openBCI
for available experiments that can be started.

Small code consistency enhancement

If an attribute is of Array type lets initialize it to an empty array
so that no matter when Array type is returned, not None, as other code
might assume that type (as it happened in EmbeddedFileChooserFavorites)

Reindent .xml files to HT=4 SP

Done with:
  dos2unix $(git ls-files \*.xml)
  sed -i -r 's/\s+$//' $(git ls-files \*.xml)
  sed -i -r 's/\t/    /g' $(git ls-files \*.xml)

XML files tend to have many level, so indenting them 8 spaces was a real PITA.

Reindent java files to 4 spaces per tab

Done with:
    astyle -n --lineend=linux -T4 -HU $(git ls-files \*.java)

Includes changes to .dir-locals.el.

Merge branch 'open-wizard-fixes'

* open-wizard-fixes:
  favorites: pull new directory to front of list
  favorites: add directory to favorites when the file is really opened
  Add loggers in various places to make debbuging easier
  open wizard: whitespace cleanup
  favorites: modify layout to not stretch components
  favorites: simplify layout by removing redundant nested containers
  favorites: use a boolean to keep a flag
  favorites: reindent EmbeddedFileChooserFavorites before editing

favorites: pull new directory to front of list

Two changes in the behaviour of the list of recently used directories
are made:
- each dir is only kept in the list once
- each dir is moved to the head of the list when used

It would be nice to make the applicationConfiguration.getLastDirs()/setLastDirs()
just use a modifable Collection, which would make the implementations much
simpler and remove the need for array manipulation, but this is subject for
another commit.

favorites: add directory to favorites when the file is really opened

After the dialog was refactored to new form, favorites list stopped being filled
in. Unfortunately now the time when the file is selected and the time when it
is okeyed by the user - the time when "Finish" is clicked - are quite distant.
Nevertheless, we want to actually only add the dir to history when we actually
open the file, i.e. only when "Finish" is clicked.

To achieve this, onDialogCloseWithOK is forwarded through different levels.

Add loggers in various places to make debbuging easier

open wizard: whitespace cleanup

favorites: modify layout to not stretch components

If favorites are stretched, nothing useful happens, but the
components looks bad. To avoid this, keep everything flush
top.

favorites: simplify layout by removing redundant nested containers

The layout is approximately the same, except that in some places
less padding is used.

favorites: use a boolean to keep a flag

favorites: reindent EmbeddedFileChooserFavorites before editing

Allow log4j to be configured with commandline options

This is useful to turn some aspect of logging on or off without modifying
any configuration files.

E.g.:
   mvn -pl svarog process-resources compile exec:java -Dlog4j.logger.org.signalml.app.view=DEBUG
will run svarog with full debug output from the org.signalml.app.view hierarchy.

N.B.:
  -Dlog4j.debug=true turns on log4j configuration debugging, which is handy to see what
and where is configured in the log4j department.

Resets the selected file when directory changes in the OpenSignalDialog.

Previously, if the user selected a file and then changed
the active directory, the metadata connected with the
previously selected file was reloaded - this resulted
in showing error messages twice if there was an error
while loading metadata (first - when user selects the file,
and then after the user changes the directory).

NUMBER_OF_CHANNELS is fired whenever openSignalDescriptor changes.

Previously it was fired only when the channel count spinner
changed. This - in very specific situations - lead to
NullPointerException errors.

Merge branch 'new_openbci_protocol'

By Piotr Szachewicz (106) and others
* new_openbci_protocol: (110 commits)
  Removed the NetworkUtils class.
  Reorganized the 'other settings' panel.
  Removed the 'Manage SignalML codecs' dialog.
  Added a combo box for manual selection of file type.
  Made radio buttons larger in the Preferences/Signal zooming.
  Removed the dynamic compilation warning.
  Removed empty labels from the file chooser's favourites.
  Moved edit gain button to the other settings panel.
  Added a new version of MP5 binary for Mac OS.
  Fixed creating SignalProcessingChainDescriptor for SignalML signals.
  Some fields were not set while creating a SignalProcessingChainDescriptor.
  Removed the period density control from the MP5 dialog.
  Closes a socket connection after a request was made.
  Openbci address can be set in the preferences dialog.
  Refactored AbstractPresetDialog to use PresetControlsPanel.
  Added presets to the SignalMontagePanel in the open signal wizard.
  Used SignalMontagePanel in the SignalMontageDialog.
  Removed the RAW signalML codec.
  Removed jzmq dependence from pom.xml file.
  Substituted ZMQ with TCP sockets in (dis)connecting to an experiment.
  ...

Conflicts:
izpack/mac/mp5
pom.xml

Removed the NetworkUtils class.

It was used when Svarog used ZeroMQ for communicating
with openBCI - now it is obsolete.

Reorganized the 'other settings' panel.

Buttons are put under the combo boxes
and are without labels next to them.

Removed the 'Manage SignalML codecs' dialog.

Codecs can be registered directly after pressing
the "Register SignalML codec" button. There's no
need for another dialog because, the list of
registered codecs is available in the file type
combo box.

Added a combo box for manual selection of file type.

File type loading method can be: AUTODETECTED, RAW or using
a SignalML codec. The value selected in this combo box
determines which method  will be used to load the selected
signal file. If the AUTODETECT value is selected, then Svarog
tries to determine the file type automatically based on
the file extension.

Update mac mp5 binary to static version

Like windows and linux versions, this is mp5 from commit
mp_engine: 55c7b2d 'Add --enable-static autoconf flag' 2012-04-03

Note: 'otool -L mp5' show the list of dynamically linked libraries.
In this case:
  /usr/lib/libSystem.B.dylib (...)

Made radio buttons larger in the Preferences/Signal zooming.

The amount of space reserved for the radio buttons was too
small - on MacOS the labels next to the radio buttons
were displayed as '...' (on other systems it was OK).

Removed the dynamic compilation warning.

This was the most annoying message in Svarog...
What is more it started to introduce problems
- there were thread-related issues while selecting
SignalML files from the Signal Source file chooser
(Svarog would freeze after selecting a file).

Removed empty labels from the file chooser's favourites.

Those were used to force additional space between components,
they were removed in order to make the favourites panel
smaller (it was too big to fit on smaller screens).

Moved edit gain button to the other settings panel.

The left column of the open signal dialog was containing
too many elements.

izpack: make linux svarog launcher script work

The installation layout is horrible, far from normal linux
conventions. Nevertheless, the script is installed alongside
the jar file, and should look for it in the same directory
that the script ($0) is located, not the current directory.

Also use 'exec' to destory the shell before launching java.

Also drop the redirects - I don't see any reason why we would
want to squelch messages from svarog this way. Especially
error messages.

Use a 32-bit mp5 linux binary

32-bit version should work on more systems than the 64-bit one. Since
the binary is statically linked, libraries do not matter and this one
should run on amd64 without any problem.

Set executable bit on mac mp5 binary

Ticket 168 resolved - power axis scaling settings avalible

Earlier recomputing FFT change power axis range.
Radio buttons to choose if power axis should be fixed or adjust to signal's fft values added to FFTSettingDialog.
Power range start, end and decision about autoscaling is saved in XML written by plugin.

Added a new version of MP5 binary for Mac OS.

De-configure assembly plugin

It used to build a ZIP of source and a ZIP of compilation results
including libraries, but everybody seems to be using onejar anyway,
so this plugin just wastes compilation time.