Poprawki by program_version było regenerowane tak często jak potrzeba ale nie częściej.

Usunięcie dostępu do niezainicjalizowanej zmiennej.

g++-4.6 -MMD -Wall -g -flto -O3  -c -o fringes.o fringes.cc
fringes.cc: In function ‘summary(std::vector<__vd<double>, std::allocator<__vd<double> > >&)’:
fringes.cc:271:2: warning: ‘avg’ may be used uninitialized in this function [-Wuninitialized]
fringes.cc:268:9: note: ‘avg’ was declared here

Usunięcie konwersji NULL -> 0.

g++-4.6 -MMD -Wall -g   -c -o newopt-kalib.o newopt-kalib.cc
newopt-kalib.cc:186:1: warning: converting to non-pointer type ‘int’ from NULL [-Wconversion-null]

Aktualizacja TODO.

Automatyczna generacja program_version przy pomocy git-describe.

Inclusion guard w steps.h.

Wprowadzenie trzeciej fazy dopasowywania linii.

Drobne poprawki w wypisywanych komunikatach.

Wyrównanie do kolumn w wypisywaniu por. linii

Przemianowanie --jump na --fringe i wypisywanie użytych sztucznych prążków

Wypisywanie mediany i ochylenia od mediany i średniej dla prążków

Fix leak found by cppcheck in ddd.cc.

Checking ./ddd.cc...
[./ddd.cc:171]: (error) Memory leak: in4

Fix leak found by cppcheck in ar.cc.

Checking ./ar.cc...
[./ar.cc:176]: (error) Common realloc mistake: "table" nulled but not freed upon failure

Revert "Usunięcie memleaka po wywyołaniu parse_options() z newopt_file."

This reverts commit 026e9bec6e0f3f1e4bf6d597bf1c7005763d9545.

Opcja --debug= wcale niestety nie robi nic, tylko
1. miało powodować włączenia debugowania jak all.
2. nie działa, bo był błąd w funkcji parse_debug().

To nie jest tego warte: wycofuję zmianę i poprawiam --debug= .

Usunięcie memleaka po wywyołaniu parse_options() z newopt_file.

Memleak związany był z tym, że ostatni argument w pliku konfiguracyjnym
(Li2_30.b.conf) był obsługiwany automatycznie. Dodanie debug=verbose, czyli
argumentu nieautomatycznego, powoduje zniknięcie memleaka. Naprawa polega na
dodaniu sztucznego 'debug=' do końca pliku konfiguracyjnego.  Niestety odkrywa
to kolejny bug w parse_debug(), co będzie tematem następnego commita.

Usunięcie memleaków po poptGetOptArg() i poptGetArgs().

Usunięcie dostępu do niezainicjalizowanej pamięci.

Problemem był brak dobrego warunku w pętli wywołującej find1().

valgrind:
==3900== Invalid read of size 8
==3900==    at 0x427DD1: _range<__vd<double>, (char)91, (char)93, (char)58>::_range(__vd<double> const&, __vd<double> const&) (range.h:6)
==3900==    by 0x427293: _range<__vd<double>, (char)91, (char)93, (char)58> range<(char)91, (char)93, (char)58, __vd<double> >(__vd<double> const&, __vd<double> const&) (range.h:13)
==3900==    by 0x423C73: find1(std::ostream*, std::valarray<__vd<double> > const&, std::valarray<double> const&, std::valarray<double> const&, int, unsigned long, unsigned long&) (linefind.cc:61)
==3900==    by 0x4254F6: linefind::linedata::locate(std::valarray<__vd<double> > const&, std::valarray<double> const&, linedata_params const&, double) (linefind.cc:237)
==3900==    by 0x426123: linefind::linedata::linedata(char const*, std::string const&, std::valarray<__vd<double> > const&, std::valarray<double> const&, linedata_params const&, std::deque<double, std::allocator<double> > const*) (linefind.cc:290)
==3900==    by 0x405BA0: do_ddd(std::string const&) (kalib.cc:95)
==3900==    by 0x4062F2: main (kalib.cc:144)
==3900==  Address 0x6701b58 is 8 bytes after a block of size 200,176 alloc'd
==3900==    at 0x4C24DFA: operator new(unsigned long) (vg_replace_malloc.c:261)
==3900==    by 0x407380: std::__valarray_get_memory(unsigned long) (valarray_array.h:53)
==3900==    by 0x4088EB: __vd<double>* restrict std::__valarray_get_storage<__vd<double> >(unsigned long) (valarray_array.h:60)
==3900==    by 0x41B23A: std::valarray<__vd<double> >::resize(unsigned long, __vd<double>) (valarray:921)
==3900==    by 0x41E62A: steps::Steps::deairify(double) (steps.cc:126)
==3900==    by 0x41EA74: steps::Steps::Steps(almost_ddd const&) (steps.cc:150)
==3900==    by 0x405800: do_ddd(std::string const&) (kalib.cc:80)
==3900==    by 0x4062F2: main (kalib.cc:144)

Usunięcie dostępu do niezainicjalizowanej pamięci (__vd).

valgrind:
==1403== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)
==1403==    at 0x535A9C3: __ieee754_log10 (e_log10.c:83)
==1403==    by 0x536CCE1: log10 (w_log10.c:36)
==1403==    by 0x4082B4: std::ostream& operator<< <double>(std::ostream&, __vd<double> const&) (vd.tcc:13)
==1403==    by 0x4133BA: Fit::operator<<(std::ostream&, Fit::cba const&) (fit.h:51)
==1403==    by 0x412F4A: Fit::cba::fit(std::valarray<double> const&, std::valarray<double> const&, std::valarray<double> cons
t&) (fit_cba.cc:92)
==1403==    by 0x426785: Fit::cba::cba(std::valarray<__vd<double> > const&, std::valarray<double> const&, std::valarray<doubl
e> const&) (fit.h:23)
==1403==    by 0x4240B9: find1(std::ostream*, std::valarray<__vd<double> > const&, std::valarray<double> const&, std::valarra
y<double> const&, int, unsigned long, unsigned long&) (linefind.cc:91)
==1403==    by 0x4254DE: linefind::linedata::locate(std::valarray<__vd<double> > const&, std::valarray<double> const&, lineda
ta_params const&, double) (linefind.cc:237)
==1403==    by 0x42610B: linefind::linedata::linedata(char const*, std::string const&, std::valarray<__vd<double> > const&, s
td::valarray<double> const&, linedata_params const&, std::deque<double, std::allocator<double> > const*) (linefind.cc:290)
==1403==    by 0x405BA0: do_ddd(std::string const&) (kalib.cc:95)
==1403==    by 0x4062F2: main (kalib.cc:144)

Usunięcie memleaka od treshlog.

valgrind:
==660== 8,769 (528 direct, 8,241 indirect) bytes in 1 blocks are definitely lost in loss record 11 of 11
==660==    at 0x4C24DFA: operator new(unsigned long) (vg_replace_malloc.c:261)
==660==    by 0x424BD3: calc_ground(std::valarray<double>&, std::valarray<double>&, std::valarray<__vd<double> > const&, std::valarray<double> const&, double, std::string const&) (linefind.cc:181)
==660==    by 0x425314: linefind::linedata::locate(std::valarray<__vd<double> > const&, std::valarray<double> const&, linedata_params const&, double) (linefind.cc:225)
==660==    by 0x4260A5: linefind::linedata::linedata(char const*, std::string const&, std::valarray<__vd<double> > const&, std::valarray<double> const&, linedata_params const&, std::deque<double, std::allocator<double> > const*) (linefind.cc:288)
==660==    by 0x405E58: do_ddd(std::string const&) (kalib.cc:107)
==660==    by 0x4062F2: main (kalib.cc:144)

Usunięcie memleaka z ddd.

valgrind:
==32534== 393,432 (120 direct, 393,312 indirect) bytes in 1 blocks are definitely lost in loss record 7 of 7
==32534==    at 0x4C24DFA: operator new(unsigned long) (vg_replace_malloc.c:261)
==32534==    by 0x421166: make_ddd(std::string const&) (ddd.cc:180)
==32534==    by 0x4218B6: almost_ddd::almost_ddd(std::string const&) (ddd.cc:195)
==32534==    by 0x4055FA: do_ddd(std::string const&) (kalib.cc:69)
==32534==    by 0x4062F2: main (kalib.cc:144)

Wersja 0.4.7.

chmod +x usun-literki.sh.

Usunięcie pozostałości denorm.

Uproszczenie generowanych plików: ard1,2,2a,3,4,5 -> .ar1,2,2a,3,4.

Plik .ar1 jest wypisywany, a następnie nadpisywany z dodatkowymi
wierszami i kolumnami. Wczytywanie linii z .ar1 działa tak
samo jak z .ard1, z tym że wierszy zaczynające się od '- ' są
pomijane. Na razie nie ma filtru na typ linii - tak więc użytkownik
musi sam wyciąć np. linie neonowe jeśli są niepotrzebne, albo
zaryzykować użycie większego zestawu linii. Plik KLi/KLi_2010/10jkl.a
działa dobrze ze zwiększonym zestawem :)

Zrezygnowałem z przekazywania bazowej nazwy pliku w wywołaniach
funkcji na rzecz zmiennej globalnej output_base.

Przekazywanie linedata do mstretch i wypisywanie w .ard2.

Dodanie (nieużywanej) metody linefind.linesize().

Lepszy (nieco) debugging w filedump.cc.

Usunięcie wywołań c_str() i formatowanie.

Konfiguracja emacsa.

Zdefiniowanie operator<< do wypisywania dopasowań.

Ustalenie minimum niepewności wielkości linii na 0.001.

Czasami w przypadku dopasowania z niewielką ilością punktów
w linii, niepewność maximum linii była sztucznie zaniżona.
To głupio wygląda, a na dodatek nie ma specjalnego sensu.

Lepszy (nieco) debugging w fit_cba.cc.

Wagi w dopasowaniu muszą być nieujemne.

Ulepszenie komunikatów o ddd_{begin,end} i opo_start.

Merge: włączenie poprawek związanych z SEGV przy nienadpisywaniu .ard1.

Ulepszenie komunikatów w przypadku użycia zarówno --ard1= i -ard=.

Segmentation fault przy użyciu linefind do wypisywania .skl1.

...
>>> Li2_30.b.ard3
zoptymalizowane minimum: liczba dobrych linii argonowych=5
zoptymalizowane minimum: liczba dobrych linii neonowych=0
mnożnik wypisywanego widma, out_mul=1
Segmentation fault

Wyrównanie nagłówków do kolumn.

Wypisywanie pliku .ar[de]1 tylko jeśli były dane źródłowe do zapisania.

Wypisywanie linii wywołania w .skl, .all i .out.

Formatowanie kodu.

Wypisywanie komunikatu o masce debug na stdout.

Potwierdzenie nieużycia parametrów w printf_binary.cc.

printf_binary.cc:4: warning: unused parameter ‘info’
printf_binary.cc:22: warning: unused parameter ‘info’
printf_binary.cc:22: warning: unused parameter ‘size’

Usunięcie ostrzeżenia o niezainicjalizowanym polu.

newopt-kalib.cc:187: warning: missing initializer for member 'poptOption::shortName'
newopt-kalib.cc:187: warning: missing initializer for member 'poptOption::argInfo'
newopt-kalib.cc:187: warning: missing initializer for member 'poptOption::arg'
newopt-kalib.cc:187: warning: missing initializer for member 'poptOption::val'
newopt-kalib.cc:187: warning: missing initializer for member 'poptOption::descrip'
newopt-kalib.cc:187: warning: missing initializer for member 'poptOption::argDescrip'
newopt-kalib.cc:187: warning: missing initializer for member 'poptItem_s::argc'
newopt-kalib.cc:187: warning: missing initializer for member 'poptItem_s::argv'

Poprawienie zamiany -1 i string::npos.

ddd.cc:72: warning: comparison of unsigned expression >= 0 is always true
steps.cc:24: warning: comparison of unsigned expression >= 0 is always true

Usunięcie nieużywanej zmiennej.

open_file.h:30: warning: unused parameter ‘mask’

Końcówka .cc.inc w generowanych plikach z tabelami.

Scalenie uninames.h-yes i -no w jeden plik.

Dodanie AUTHORS (ze mną) i COPYING (z GPLv3).

Usunięcie nieużywanego pliku fit.cc.

Konwersja newopt.c na C++.

slide: poprawne końcówka w odmianie lini-i.

Dodanie przedrostka ułatwiającego odróżnienie minimum pierwsze od drugiego.

>>> NaRb_01.c.slide
przesunięcie względem wskazania OPO=-1.286754
minimum: liczba dobrych linii argonowych=8
minimum: liczba dobrych linii neonowych=2
zaakceptowano 10 pasujących liniych skalujących
...
>>> NaRb_01.c.ard3
dopasowanie poprawione...
zoptymalizowane minimum: liczba dobrych linii argonowych=10
zoptymalizowane minimum: liczba dobrych linii neonowych=5
dopasowanie poprawione zwycięża
zaakceptowano 15 pasujących liniych skalujących

Poprawka (fałszywego) ostrzeżenia o niezainicjalizowanej zmiennej.

Zamiana na register_printf_specifier ze starego ..._function.

printf_binary: formatowanie i konwersja na "C++".

Błąd z priorytetem operacji z printf_binary.

Merge branch 'cleanup'

Conflicts:
comp/__init__.py

Wersja 0.4.6.

Informacje o wersji programu w .out.

Nienadpisywanie .ard1.

Obsługa # w liniach referencyjnych.

Przezwanie NE_1G na NE.txt.

Wyrównanie do lewej w .ard1.

Usunięcie nieużywanej zmiennej linedata.tres.

Niewypisywanie helpa po -V.

Użycie {argon,neon}_lines zamiast 'A' i 'B'.

Wypisywanie linii neonowych.

Poprawne wczytywanie linii argonowych, wczytywanie linii neonowych.

Wczytywanie inf jako niepewności vd.

Mimo że inf było czasami zapisywane w generowanych plikach, to program nie chciał ich potem czytać:
fatalny błąd:błąd składni Li2_01.a.ard1_prep:4:    15015.225        0.011  +0.0955   inf

Wersja 0.4.5.

Whitespace.

Wypisywanie typu linii w .ard3.

Dodanie zer do AR.txt.

Poprawienie ardmindigits w opcji --pan3/4.

Wersja wstępna mechanizmu porównywania.

Aktualizacja TODO.

Wersja 0.4.4.

Informacje o pliku powinny być wypisywane tylko przez log_verbose.

Dopasowanie z slide_min2 mogło rzucić wyjątek.

Użycie mediany zamiast Y[0] do liczenia poziomu tła.

linefind: Przesunięcie inicjalizacji wektorów.

Bugfix? Nieobcinanie przeskoków do całkowitej.

Wykorzystanie dodatkowych linii argonowych i neonowych.

Parametry --ard, --are: lista dodatkowych linii.

Parametr --are1 bliźniaczy do --ard1.

kalib.cc:Formatowanie.

Niewypisywanie nieistniejącego niepierwszego dopasowania.

Więcej deklinacji.

Usunięcie pozostałości latexa.

Usunięcie nieużywanego pliku nagłówkowego pair.h.

Usunięcie graficznego przestawienia zależności źródeł.

Jakim programem było to wygenerowane?

Wypisywanie drugiego gorszego skalowania.

Wydzielenie dopasowania pierwszego i drugiego do osobnej funkcji.

Formatowanie i whitespace.

Przekazywanie zarówno slide_min jak i slide_min2 z funkcji find_slide_min.

Nie powinno być zmian w zachowaniu.

Ustawianie Smin_ratio parametrem -r.

ar, steps: Średniki i formatowanie.

Niewypisywanie informacji o plikach na podstawie maski, niepodawanie maski.

Whitespace.