Removal of JavaDoc warnings

pom: generate surefire reports on test results.

Xref-ed source is also generated.

pom: add cobertura plugin for test coverage.

Employ with 'mvn cobertura:cobertura'.
Results in 'target/site/cobertura'.

Plugin interface: minor corrections

1. Resolved problem with spaces in xml
2. Resolved problem with exception when a plugin directory does not exist.

Skip tests during packaging.

plug-in with the signal tool (SignalFFTTool) which displays the power spectrum

plug-in which calculates FFT

FFT:
1. replaced Flanagan FFT with FFT depending on JTransform
2. removed SignalFFTTool

plug-in interface:
minor correction to extensions of temporary files

JavaDoc for package org.signalml.app.view.element

plug-in interface:
1. added functions which return the samples for the part of the signal (time domain_
2. corrections to the mechanism of signal tools
3. minor additions to interface org.signalml.plugin.export.view.ExportedSignalPlot

JavaDoc for package org.signalml.app.view.dialog

site: add link to compilation instructions on the wiki

Copy english messages messages_en.xml -> messages_pl.xml

This reverts commit a6f8d0532a8a3656e07c5bb5328cc417a0429354.

Svarog cannot run without the messages file! In my testing it worked because I
had a copy copied by maven into the target/ directory and thus removing it from
the source tree didn't break Svarog immediately.

Change displayed Svarog version to 0.5.0-SNAPSHOT

Remove link messages_pl.xml -> messages_en.xml

Links are not supported on windows, and the content of the symbolic link
(the filename) was unsuccessfully parsed as XML.

In commit 2af227a882e90f167db92a6390911911ebac5f88 I intended to remove
this file according to the commit message, but created this link instead.
The "polish" messages are still equal to the english ones, so let's finally
remove this file.

User File.separator, not "\\", in PluginLoader and simplify things a bit

Reindent src/main/java/org/signalml/plugin/loader/PluginLoader.java

Added method:

ChannelSamples getActiveRawSignalSamples(int channel, int signalOffset, int count)

to:

org.signalml.plugin.export.signal.SvarogAccessSignal

.

better style

Print runtime classpath in the compilation phase

Plug-in interface: fixes for exporting part of the signal

Plug-in interface: exporting signal

Clean up developers list & add the tags team

Remove links to compiled versions and point to sources

This is the change that Michał Dobaczewski made by hand on the svarog site.

Reindent xml site sources

Add .dir-locals.el to set emacs buffer variables

Add .mailmap with proper author names

JavaDoc for package org.signalml.app.document - minor corrections

JavaDoc for package org.signalml.app.document

Plug-in interface: extended JavaDoc + added missing package-level JavaDoc

Fix botched merge

s/Listner/Listener/

Merge branches 'eisenbits-plugin-system' and 'tags'

Conflicts:
src/main/java/org/signalml/app/action/ActivateDocumentAction.java
src/main/java/org/signalml/app/model/AbstractTreeModel.java
src/main/java/org/signalml/app/view/dialog/AbstractDialog.java
src/main/java/org/signalml/app/view/montage/EditFFTSampleFilterDialog.java

OK, this was a mess because automatic merge-after-file-move failed
because files were copied and removed later, and not moved in one
commit. Otherwise, conflicts were trivial, and the same number of
tests fail, so everything is fine, for sure! ;]

Remove files that should have been moved, not copied.

Please, please, never, never, commit copies of files inside the tree.
Use 'git mv' instead or copy and then 'git rm' the original.

cat <<EOF | while read a b; do i=org.signalml.$a && j=org.signalml.$b && git rm -f src/main/java/$(echo $i|tr . /).java && git grep "$i;" && git grep -l "$i;" | xargs -t -r sed -r -i "s/$i;/$j;/"; done
domain.tag.Tag plugin.export.signal.Tag
exception.SignalMLException plugin.export.SignalMLException
app.action.AbstractSignalMLAction export.view.AbstractSignalMLAction
app.document.Document plugin.export.signal.Document
app.document.AbstractDocument plugin.export.signal.AbstractDocument
app.model.AbstractTreeModel plugin.export.view.AbstractTreeModel
app.view.DocumentView plugin.export.view.DocumentView
app.view.dialog.AbstractDialog plugin.export.view.AbstractDialog
app.view.dialog.AbstractPopupDialog plugin.export.view.AbstractPopupDialog
app.view.AbstractViewerTree plugin.export.view.AbstractViewerTree
app.view.ViewerTreePane plugin.export.view.ViewerTreePane
domain.signal.SignalSelection plugin.export.signal.SignalSelection
domain.tag.TagStyle plugin.export.signal.TagStyle
domain.signal.SignalSelectionType plugin.export.signal.SignalSelectionType
app.view.signal.AbstractSignalTool plugin.export.signal.AbstractSignalTool
app.view.signal.SignalTool plugin.export.signal.SignalTool
EOF

Add gitattributes to display diffs better

Preparing for a merge ;)

Downgrade flanagan.jar to 1.0.3 because 1.1.0 gives a strange error

[INFO] Compilation failure
could not parse error message: flanagan/math/FourierTransform.java(flanagan/math:FourierTransform.java):18: unmappable character for encoding UTF-8
*   UPDATES: 18 February 2006  method correlation correction (thanks to Daniel Mader, Universt�t Freiburg -- IMTEK)

I get the same error on two different machines, so I'm assuming
that this not a local misconfiguration. We're going to get rid of
this module anyway, so let's use the simplest solution for now.

Remove a compiled jar file

Jar files should not be in the repo, because they are large, change
frequently, and should be generated from source.

Revert .classpath to old version

We don't really know why it was changed, and since most the changes
don't look good, let's just revert them.

s/Exeption/Exception/

DocumentFlowIntegrator: extract common exception handling code into a method.

This patch was lost during merge. Re-applied with a new except clause.

Conflicts:

src/main/java/org/signalml/app/action/ImportTagAction.java
src/main/java/org/signalml/app/action/NewTagAction.java
src/main/java/org/signalml/app/action/OpenDocumentAction.java
src/main/java/org/signalml/app/action/OpenTagAction.java
src/main/java/org/signalml/app/document/DocumentFlowIntegrator.java
src/main/java/org/signalml/app/method/artifact/ArtifactMethodConsumer.java
src/main/java/org/signalml/app/method/mp5/MP5MethodConsumer.java
src/main/java/org/signalml/app/method/stager/StagerMethodConsumer.java

This commit refers to merge of one particular dev branch (lets call it B) to main Svarog branch. B had beed developed for few months by Mariusz Podsiadlo (signal streaming online, connection to OpenBCI etc). After that it has beed developed for a while by Piotr Szachewicz (signal filtering online). At the moment, Piotrve conducted merge.

Plug-in interface RC 1

Change log:
1. Added: ExportedSignalDocument returns the list of channel labels.
2. ExportedTag extends Comparable.
3. Functions retuning tags for multiple tag documents return lists instead of sets.
4. Added constructor for AbstractDialog which doesn't require MessageSourceAccessor.
5. Menus that are added several times are now copied.
6. Improved adding tags (checks for correction of added tags).
7. Fixed active tag change.

Plug-in interface beta

Slight Javadoc fixes.

Slight Javadoc fix.

Slight Javadoc fix.

org.signalml.app.view.signal.SignalTool abstraction and related cleanup.

Javadoc for 2 classes in org.signalml.exception package.

Corrected some formatting mistakes

Edit time domain filter presets repaired

Formating and javadoc corrections

Commented suppressNoConvergenceMessage() - it seems it doesn't work with every flanagan library

Fully working time domain sample filter edit window

The parameters of the filter and its order are checked in the designer window

JSpinner values are immediately corrected while setting them by the user

Filter designer presets are working

Corrected formatting for the changed files

Time Domain Filter Designer - first partly working GUI version

Time Domain Filter Designer classes added (no gui provided yet)

Few misspellings corrected

Final version of formating

Few more mistakes corrected in the formatting

Corrected the formatting for the changed files

Corrected the formatting for the changed files

Corrected Javadoc for package org.signalml.domain.tag

Corrected Javadoc for package org.signalml.domain.signal

Corrected Javadoc for package org.signalml.domain.montage

Final version of implementing Time Domain Sample Filters in Svarog

Problems with multithreading solved

Round buffer works but problem with threads?

Forgot to add RoundBufferMultichannelSampleSource and its unit test.

Filtered signal is cached in the Time Domain Sample Filter Engines from now on.

(Cache is implemented using arrays - will be changed to round buffers
for better performance)

Changed the size of the window for Time Domain Filtering

Unit tests for time domain filtering written.

Time domain filters are added and applied before FFT filters

a list o standard Time Domain filters addedd

Deleted classes used to store predefined filters

Predefined time domain filters are stored as TimeDomainSampleFilter objects

Tidying up

Chain of filters works, but summing of FFT filters disabled

More than one filter works at a time (initial version)

Time domain sample filter filters signal taking a few samples from the left of the visible window

Initial version of time domain filters for Svarog

(Known bugs: works only one filter at a time,
distorted signal on the left edge of the window)

Make validateString more lenient

Hopefully this is the last commit on this subject :')

Make validateString stricter

Rewrite Util.validateString to support surrogates

This is one of those 'guess what the author had in mind?' moments.
There are two clues:
 - message_en.xml says <entry key="error.nameBadCharacters">Name must not contain control characters</entry>
 - some of the string to be 'verified' come from TextPanes (which
   support multiline text), and some from (singleline) TextFields.
So let's assume that all control characters are bad in usernames,
passwords, etc, but can be present in annotation descriptions and
other such stuff. This method can't be really used to 'verify'
both, so just remove calls checking strings coming from TextPanes.
I think that TextPane should make it non-trivial to enter invalid
unicode anyway.

Remove now unused messages from catalogue too.

Fix old docstring for TaskStatus.isAbortable()

Error reported by STF.

Edit/Signal Montage started to work for Monitor signals (except Filters)

Users can now edit signal montage for monitors (channels, reference editor,
reference matrix etc.). Please not use Signal Montage/Filters because it
applies an FFT Filter on the monitor signal instead of using an IIR Filter.

Change maven repository to signalml.org/maven/repository

Various people complained that keeping the repository in Michał's
home directory doesn't look professional. I'm moving the files
without any other changes.

Use jboss repository for trove and netty poms

Update trove minor version to match the one in jboss maven repo.

Fixed Javadoc for package org.signalml.util

Enable linking to sprint framework javadocs from our javadocs

See org.signalml.domain.montage.Channel for an example.

Fix javadoc formatting in SignalTypeConfigurer

Remove useless template comments and correct formatting

Add new developers to Svarog website

Fix warnings given by javadoc

Use Java API documentation on oracle's website and show private classes

The one on java.sun.com returns errors during javadoc generation.
One extra level of <configuration> tags was unnecessary.

Remove '@return void' from docstrings

Javadoc doesn't like that.

Remove empty '@return's

Javadoc gave lots and lots of warnings like
  org/signalml/domain/book/StandardBookAtom.java:56: warning - @return tag has no arguments.
which clutter the output and make it hard to see real warnings.

More corrections to org.signalml.domain.montage