EDF: introduce <channel> and <channelset>.

2to3: use string methods not functions.

It is better to use a lambda function wrapping the method, because
the first argument to str.strip() is called self, not s, so
str.strip({'s'=' aaa '}) will fail.

2to3: remove stray parentheses.

Extend description of EASYS with more parameters from standard header.

Includes one binary op.

Add binary operators with same precedence as other binary ops.

Example XML format where second data filename must be given by user.

Better support multiple files specified by user.

Clean up logging levels and formats.

Forgotten import.

Use OptionParser for options in run.py.

Revert "Param channel_name is optional, provide replacement."

This reverts commit edaf93b5ea16a14ddee6232d9efeaddfa928de81.

Default parameters can be provided through builtin functions.
Let's do it this way.

Param channel_name is optional, provide replacement.

Example XML codec and data.

>>> codec = twozer.Codec('XMLFormatCodec.xml')
[20:08:07 D twozer] element param id='number_of_channels' type=None
[20:08:07 D twozer] element param id='samples_in_file' type='int'
[20:08:07 D twozer] element param id='filename' type=None
[20:08:07 D twozer] element param id='just_bytes' type=None
[20:08:07 D twozer] New arg type=int name=channel
[20:08:07 D twozer] New arg type=int name=sample
[20:08:07 D twozer] element param id='straight_mapping' type='int'
[20:08:07 D twozer] New arg type=int name=channel
[20:08:07 D twozer] New arg type=int name=sample
[20:08:07 D twozer] element data mapping=straight_mapping format=just_bytes
>>> state = c1.open_and_eval('XMLFormatSample.xml')
>>> codec.dump_samples(state)
[20:08:20 I twozer] channel names ['L0']
0 81
1 -128
2 -59
3 -4
4 10
5 69
6 21
7 42
8 70
9 68
10 6
11 39
12 -125
13 21
14 100
15 68
16 -124
17 11
18 -102
19 53
20 122
21 72
22 -61
23 -114
24 12
25 -73
26 -89
27 68
28 -56
29 122
30 -117
31 -98
32 73
33 -98
34 -62
35 -107
36 -73
37 36
38 -22
39 42
40 -16
41 5
42 92
43 5
44 26
45 22
46 -47
47 -33
48 114
49 93
50 -117
51 -41
52 -123
53 -10
54 101
55 121
56 -90
57 -94
58 -28
59 -98
60 120
61 -85
62 -89
63 61
64 110
65 102
66 112
67 -123
68 43
69 -127
70 -71
71 74
72 5
73 -11
74 -107
75 20
76 107
77 -2
78 86
79 -126
80 14
81 -17
82 6
83 8
84 -113
85 -22
86 53
87 6
88 85
89 -115
90 23
91 -5
92 108
93 36
94 49
95 0
96 -103
97 -74
98 99
99 22
>>>

XML file and XPath in codecs.

Use helper function to recast InvalidExpressionError.

Move tedious initialization to helper module.

Increase recursion limit 300.

200 was too low for EDF recursive channel_offset()
calculation with 17 channels.

Indent M4D.xml.

Make sample dumping into separate function.

Utility function codec.open_and_eval().

EASYS.xml: make header parsable.

Use quotes when reporting param names.

Turns
  twozer.machine.InvalidExpressionError: in param magic attribute format
into
  twozer.machine.InvalidExpressionError: in param 'magic' attribute format
which might be easier to interpret.

Use new collections.OrderedDict when possible.

Unuse deprecated Exception.message. Clean up expception reporting.

Run twozer.test() from commandline.

Remove test.py with python encoding test.

Fix bugs in machine.py resulting from testing builtins.

ERROR: test_builtin_log (twozer.tests.test_machine.TestBuiltins)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zbyszek/eeg/twozer/tests/test_machine.py", line 33, in test_builtin_log
    self.assertEqual(1,  self.state.call('log', math.e))
  File "machine.py", line 389, in call
    return meta.eval(self, *params)
  File "machine.py", line 106, in eval
    if len(self.args) != len(params):
TypeError: object of type 'Arg' has no len()

ERROR: test_builtin_log (twozer.tests.test_machine.TestBuiltins)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zbyszek/eeg/twozer/tests/test_machine.py", line 33, in test_builtin_log
    self.assertEqual(1,  self.state.call('log', math.e))
  File "/home/zbyszek/eeg/twozer/machine.py", line 389, in call
    return meta.eval(self, *params)
  File "/home/zbyszek/eeg/twozer/machine.py", line 116, in eval
    val = self.eval_with_args(state, locals)
  File "/home/zbyszek/eeg/twozer/machine.py", line 252, in eval_with_args
    val = self.func(**args)
TypeError: log() takes no keyword arguments

Test builtin functions in machine.py.

Split of codec running code into a separate function and create run.py.

run.py imports twozer as a seperate package, not 'from . import codec',
to avoid errors like:
ValueError: Attempted relative import in non-package

Remove utility imports from __init__.py.

Switch to relative imports in codec.py.

Rename twozer.py to codec.py.

Change order or import statements in __init__.py.

Not sure if this is necessary, but... it shouldn't be harmful.

Algebraic tests, part II.

Cleanup ExpTree binary operations implementation.

Why python operator modules doesn't contain binary logical operators?

Define spinner before import modules, create test suite dynimically.

get_suite() is used to make reloading modules easier: after
test_Something.py is reloaded, tests/__init__.py doesn't have to be
reloaded.

Import failed because modules tried to use spinner when being imported.
To correct this, spinner is defined earlier (and now actually works
instead of calling an old definition of _spinner).

Algebraic tests, part I.

A simple spinner to make test nicer.

A rip-off from MDP.

Use loadTestFromModule to get rid of get_suite() functions.

Additional quoting tests.

Idea from Tiziano Zito.

Use __init__.py, TestSuites and clean up names.

Merge branch 'master' of ssh://escher/srv/git/repos/twozer

Lists [a,b,c] in expressions.

Corrections in writing values out.

EDF - corrections.

Using file names.

Writing sample to file.

Logging config from file + errata.

Format attribute and making use of it.

Seems to correctly read samples from EDF.

Minor corrections.

Add header_size to data offset in EDF.xml.

Opis EASYS.

Logging in machine.py.

state must be passed everywhere during execution.

It only worked before because state was accessed as a global variable.
Yuck!

Mapping works!

Python encoding bug test.

First try for XMLSchema.

Initial <data> support.

Fix XMLSyntaxError imports.

More unittests.

Fix up exceptions in machine.py.

Support for running without lxml.

Functions log(), log10() and exp().

Logical operator 'not'.

Logical operators 'and' and 'or'.

expression grammar: introduce topexpr.

Makefile with tests for now.

Slice object and syntax.

Beef up argument counting and reporting in function calls.

Standardise on channel names available under channel_name (without 's').
The called is supposed to cope with getting an array.

WIP.

Allow overriding builtin parameters.

User exceptions.

Fix calls.

String expressions.

FixedOffset -> Binary.

Quoted string support.

Builtin parameters with arguments (functions).

Builtin parameters.

Initial support for array types.

Change order (expr|..., args) to (args,expr|...).

This is more natural, because args are 'declared' before use.

Unittesting.

Exception handling fixlets.

Exchange various attributes to child elements.

Attributes like offset, format, eval, pattern and line are certainly content, not metadata.
Additionally, eval and offset, and pattern can be quite long and it seems
resonable to convert them to child elements.

Some more of m4d content.

Rename meta_format -> signalml.

Assertions.

twozer.py: running with no data file.

Running with no data filename only checks the format specification for errors.

Text files: for now reads number of channels from m4d.

Nowy tag <data>.

Correct edf.xml.

More exception care: DataFormatException.

Conversion error - in ReadParam gives DataFormatException
                 - in EvalParam gives CodecError.

Fixup globals/state mixup  in ExpTree.

Define mapping in edf.xml.

More exception care.

Ternary op was supposed to be lazy!

Remove dead code from ExpTree.

Expressions like --a => (neg (neg a)).

New operators: <,<=,>,>=,!=,==,?: .

CachingState.

Bugs in EDF spec and DTD found during header parsing.